Významným prvkem rozvoje oboru nanometrologie je spolupráce se středoevropským technologickým institutem CEITEC, kde byla nezávisle na ČMI, avšak s jeho podporou, vytvořena výzkumná skupina, jejímž hlavním cílem je aplikovat poznatky z oboru nanometrologie do prostředí akademické instituce zaměřené na špičkový výzkum v oblasti nanotechnologií, speciálních materiálů, mikroelektroniky, fotoniky a mnohých dalších.

Ve spolupráci s Přírodovědeckou fakultou Masarykovy Univerzity vyvíjíme program Gwyddion a věnujeme se srovnávání optických a dotykových metod při charaterizaci drsnosti povrchů.

V rámci mnohých projektů spolupracujeme s Ústavem přístrojové techniky AVČR, zejména se skupinami specializujícími se na vývoj interferometrických metod měření délky. Tato spolupráce byla využita například při konstrukci speciálního metrologického SPM.

Při spolupráci s National Physical Laboratory se zaměřujeme na problematiku nejistot polohovacích systémů pro rastrovací mikroskopy, nejistoty metrologických SPM obecně a kvantitativní zpracování dat v různých SPM metodách.

Spolu s PTB se zaměřujeme na problematiku statistické analýzy povrchů a vztahu mezi různými měřicími metodami pro tvar povrchu a jeho drsnost.

Spolupráce s Fyzikálním ústavem AVČR nám přináší hlubší poznání interakcí v SPM pro měření sil a rozměrů, ale i při studiu dalších fyzikálních veličin.